[2-P1-P08] Arachnia rubra SK-1株のde novo全ゲノムアセンブリ

Author: 〇齋藤 真規、桑原 紀子、瀧澤 智美、小林 良喜、泉福 英信
Affiliation: 日大　松戸歯　感染免疫
Abstract: “健康なヒトの歯肉溝から分離されたArachnia rubra （SK-1株）の完全なゲノム配列について報告する。A. rubraは赤い色素を産生するグラム陽性桿菌であり，歯周病原細菌に対して抗菌効果を有している。16S rRNA遺伝子配列に基づく相同性の検索において，SK-1株はArachnia propionicaと最も近縁である。全ゲノム配列の決定は，Pacific Biosciences Sequel IIシステムを使用して実行された。 SK-1株の完全なゲノム配列は3,316,972 bpであり，単一の環状染色体として構成されていた。また，G + C含量は64.2％だった。タンパク質コード領域は，Glimmer（Ver. 3.02）とProdigal（Ver. 2.6.3）の結果を結合することにより3,868 CDSと予測された。 Infernal 1.1.2によって20個のrRNA遺伝子，tRNAscan-SE 1.3.1によって47個のtRNA遺伝子が予測された。さらに機能アノテーションの付与はNCBI BLASTによって実行された。SK-1株とA. propionicaの全ゲノム配列の類似度を比較するANI解析は，ANI calculator（http://enve-omics.ce.gatech.edu/ani/index）を用い，ANI値として算出された。 SK-1株とA. propionicaのANI値は82.9％を示し，菌種の異同を判断する基準となる95%を下回ったことから異種であることが証明された。A. rubra（SK-1株）の全ゲノム配列は，DDBJに登録し，アクセッション番号AP02446を得ている（未公開）。本研究は，JSPS科研費 JP16K20700，JP20K10299の助成を受けたものである。開示すべき利益相反はない。”

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